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Beschreibung

Dies ist ein Arbeitsgruppenkurs zum Selbststudium, bei dem die Teilnehmenden ein Protokoll schreiben und dieses auf protocols.io hinterlegen (Kurs "Write my protocol") oder ein Protokoll auf protocols.io hinterlegen und einen begleitenden Artikel über Laborprotokolle zur Einreichung bei PLOS One vorbereiten (Kurs "Publish my protocol").  Die Teilnehmenden sehen sich vor den Arbeitsgruppensitzungen YouTube-Videos an, die sie durch den Prozess des Schreibens eines Protokolls, der Hinterlegung auf protocols.io und/oder der Vorbereitung eines Artikels über Laborprotokolle führen.

Dieser Kurs ist für alle geeignet, der mit einem wiederverwendbaren Schritt-für-Schritt-Protokoll arbeiten, und ist nicht auf Nasslabor-Protokolle beschränkt. Dieser Kurs ist nicht für Teilnehmende gedacht, die Protokolle für systematische Übersichten und Meta-Analysen schreiben (diese sollten auf PROSPERO hinterlegt werden), oder für klinische Studienprotokolle, die ein Design für eine bestimmte Studie beschreiben. Klinische Studien können wiederverwendbare Schritt-für-Schritt-Protokolle enthalten (z. B. Protokolle für die Durchführung einer bestimmten Messung oder Intervention), die sich gut für diesen Kurs eignen würden.

Was ist der Vorteil eines Laborprotokolle-Artikels im Vergleich zu einem Methodenartikel in einer Zeitschrift?

Veröffentlichungen in Fachzeitschriften über Methoden spiegeln die Arbeit eines Labors zu einem bestimmten Zeitpunkt wider. Sie können schnell veraltet sein, da sich die meisten Protokolle nach der Veröffentlichung weiterentwickeln.

Protocols.io ist ein Protokoll-Repository, das es Autor:innen ermöglicht, detaillierte Protokolle mit zusätzlichen Funktionen wie Bildern oder kurzen Videoclips oder Zeitangaben für einzelne Schritte zu hinterlegen. Das Repository ermöglicht es Autor:innen, jederzeit aktualisierte Versionen ihres Protokolls zu erstellen, so dass die Leser:innen Ihres Artikels auf protocols.io die neueste Version finden können. Auf diese Weise können Sie ein lebendiges Protokoll führen, das es der Forschung innerhalb und außerhalb Ihres Labors erleichtert, Ihre Methoden nachzuvollziehen. Wissenschaftler:innen außerhalb Ihrer Laborgruppe können Ihr Protokoll auch "forken", indem sie ihre eigene modifizierte Version teilen. Neue Versionen und Forks verlinken auf Ihr Originalprotokoll, und Protokolle sind mit einem DOI zitierfähig. Das bedeutet, dass Sie Anerkennung erhalten, wenn andere Ihr Protokoll weiterverwenden.

Zielgruppe

Der Kurs steht allen Forschenden (jeder Karrierestufe) an Berliner Forschungseinrichtungen (auch BUA-Einrichtungen) offen, die auf diese Weise geeignete wissenschaftliche Methoden, Tests und Arbeitsverfahren entwickeln, anwenden und verbreiten wollen.

Kann ich trotzdem teilnehmen, wenn ich ein Protokoll hinterlegen möchte, ohne eine Veröffentlichung des Laborprotokolls vorzubereiten?

Ja; registrieren Sie sich für "Write My Protocol" und nicht für "Publish My Protocol". Sie können sich später für "Publish My Protocol" registrieren, wenn Sie Ihre Meinung ändern.

Was brauche ich, um anzufangen?

Write My Protocol:

  • Eine Liste der Materialien, die für die Erstellung Ihres Protokolls benötigt werden
  • Ein protocols.io-Konto 
  • Melden Sie sich hier kostenlos an: protocols.io
  • Einen Entwurf Ihres Protokolls, falls Sie einen haben

Publish My Protocol:

  • Eine Liste der Materialien, die für die Erstellung Ihres Protokolls benötigt werden
    Ein protocols.io-Konto (kostenlos anmelden)
  • Ihr Protokoll
  • Daten, die zeigen, dass Ihr Protokoll die erwarteten Ergebnisse liefert (Sie brauchen keine Daten aus einer vollständigen Forschungsstudie; Sie brauchen nur Daten, die zeigen, dass Ihr Protokoll das bewirkt, was Sie sagen - siehe Videos für weitere Informationen)

Verpflichtung zur Offenheit

Alle Kursteilnehmenden müssen sich verpflichten, ihr vollständiges Schritt-für-Schritt-Protokoll weiterzugeben. Es dürfen keine Schritte ausgelassen werden.

Veröffentlichte Protokolle von ehemaligen Kursteilnehmenden

Generation of full-length circular RNA libraries for Oxford Nanopore long-read sequencing, siehe Artikel

State-of-the-art methods of viral infections in human lung organoids – collection of 5 protocols, siehe Artikel

Erfüllt mein Protokoll die Kriterien für Artikel über Laborprotokolle?

Protokolle sind für alle von PLOS One abgedeckten Forschungsbereiche willkommen. Die Organisatoren des Workshops empfehlen, die Autorenrichtlinien für weitere Einzelheiten zu konsultieren (siehe Laborprotokolle im Abschnitt "Richtlinien für bestimmte Studientypen": journals.plos.org/plosone/s/submission-guidelines).

In der Frage- und Antwortrunde in diesem Erklärungsvideo wird darauf hingewiesen, dass Änderungen und Erweiterungen bestehender Methoden willkommen sind. In den Anweisungen für Autor:innen wird jedoch darauf hingewiesen, dass Protokolle, die Routinemethoden oder Erweiterungen oder Änderungen von Routinemethoden beschreiben, nicht für die Veröffentlichung berücksichtigt werden. Autor:innen, die an Protokollen für Routinemethoden arbeiten, können dennoch von der Hinterlegung von Protokollen profitieren.

Kann ich mich mit einem Kollegen/einer Kollegin anmelden?

Eine Person kann an der Arbeitsgruppe teilnehmen und im Namen einer Gruppe, die an dem Protokoll gearbeitet hat, Materialien vorbereiten. Wir begrüßen es jedoch auch, wenn Sie in kleinen Gruppen mit anderen zusammenarbeiten, die im Protokoll und in der Veröffentlichung als Koautor:innen aufgeführt werden. Wenn Sie dies planen, geben Sie bei der Anmeldung bitte die Namen der Teammitglieder an, die teilnehmen möchten. Die Teilnehmenden sollten sicherstellen, dass alle Mitautor:innen die Möglichkeit hatten, das Protokoll und die Publikation vor der Einreichung zu kommentieren und zu genehmigen.

Bei der Anmeldung werden Sie gefragt, ob andere, die an der Entwicklung des Protokolls beteiligt waren, Ihre Teilnahme an dieser Workshop-Reihe unterstützen.

Muss ich mein Protokoll veröffentlichen oder meinen Artikel einreichen?

Nein - die Entscheidung über die Veröffentlichung von Protokollen und die Einreichung von Artikeln liegt allein beim Autorenteam. Andere Mitglieder Ihrer Forschungsgruppe können dennoch von Ihrem hinterlegten Protokoll profitieren, wenn Sie sich dafür entscheiden, es innerhalb Ihres Teams geheim zu halten.

Garantiert die Teilnahme die Annahme eines Artikels?

Nein - die Organisatoren des Workshops sind nicht mit protocols.io oder PLOS One verbunden. Die redaktionellen Entscheidungen liegen in der Verantwortung der Zeitschrift.

ECTS & course credit

Teilnehmende, die die Workshopreihe abschließen, erhalten ein Zertifikat. Doktorand:innen sollten sich vor der Einschreibung bei den Mitarbeitenden ihres Studiengangs erkundigen, ob die in diesem Kurs erworbenen ECTS auf die Abschlussanforderungen angerechnet werden können. Doktorand:innen, die die Veröffentlichung des Laborprotokolls als Arbeit in ihrer Dissertation verwenden möchten, sollten sich im Voraus bei ihrem Studiengang erkundigen, ob diese Art von Arbeit auf die Abschlussanforderungen angerechnet wird.

Write my protocol: 0.5 ECTS. Teilnehmende müssen einen Link zu dem auf protocols.io hinterlegten Protokoll oder ein PDF eines privaten Protokolls bereitstellen, um ein Zertifikat zu erhalten.

Publish my protocol: 1.0 ECTS. Um ein Zertifikat zu erhalten, müssen die Teilnehmenden einen Link zu dem auf protocols.io hinterlegten Protokoll und einen Entwurf des Artikels Laborprotokolle vorlegen.

Publikationskosten

Die Kosten für die Veröffentlichung eines Artikels über Laborprotokolle in PLOS One betragen $ 1.135. Diese Kosten können reduziert werden, wenn der/die korrespondierende Autor:in in erster Linie mit der FU oder dem MDC verbunden ist, da diese Organisationen Partnerschaften mit PLOS One eingegangen sind, um die Publikationskosten zu reduzieren. Teilnehmende der Charité können die Publikationskosten für Open-Access-Artikel in PLOS One über den Open Access Fund gefördert bekommen.

Teilnehmende aus anderen Einrichtungen sollten sich über die Anforderungen der institutionellen Open-Access-Fonds informieren, um festzustellen, ob sie für eine teilweise oder vollständige Erstattung der Publikationskosten für Open-Access-Publikationen in Frage kommen.

Dozent:innen

Tracey L. Weissgerber, PhD
AG Leiterin
Berlin Institute of Health at Charité - Universitätsmedizin Berlin, Germany
BIH QUEST Center for Responsible Research

Dr. Weissgerber ist Meta-Forscherin bei QUEST (Quality | Ethics | Open Science | Translation) in Berlin. Sie schloss ihr Studium der Physiologie an der Queen's University (Kanada) ab, erhielt ein Postdoc-Stipendium am Magee-Women's Research Institute (USA) und war Assistenzprofessorin an der Mayo Clinic (USA). Ihr 2015 veröffentlichter Artikel über Balkendiagramme wurde mehr als 400.000 Mal aufgerufen. Dieses Paper trug dazu bei, dass viele Fachzeitschriften ihre Richtlinien änderten und die Autor:innen aufforderten, Balkendiagramme für kontinuierliche Daten durch informativere Grafiken (Dot Plots, Box Plots, Violin Plots) zu ersetzen.

Dr. René Bernard
Projektmanager für Value and Open Science
NeuroCure Cluster of Excellence
Charité – Universitätsmedizin Berlin
ORCID

Dr. Bernard ist ausgebildeter Pharmazeut und Pharmakologe und arbeitet derzeit als Koordinator für Value und Open Science im Exzellenzcluster NeuroCure. Neben seiner Tätigkeit in der neurowissenschaftlichen Forschung arbeitete er mehrere Jahre in einer akademisch-industriellen Kooperation und war an der Entwicklung zweier Qualitätsmanagementsysteme für die präklinische Forschung beteiligt. Er setzt sich für die Förderung guter Forschungspraxis ein, wie sie im Open-Access-Buch Good Research Practice in Non-Clinical Pharmacology and Biomedicine dargelegt ist, zu dem er beigetragen hat.

Kursförderung

Dies ist ein gemeinsamer Kurs des BIH QUEST Center und des NeuroCure Exzellenzcluster. NeuroCure wird im Rahmen der Exzellenzstrategie von den Regierungen des Bundes und des Landes Berlin durch die DFG-Förderung EXC 2049 / Projektnummer: 39068808 gefördert.

Kursföderung II

Important Information

Datum: wird rechtzeitig bekannt gegeben

Kurssprache: Englisch

Ort: Der Workshop findet online über Zoom statt. Die Zugangsdaten werden etwa eine Woche vor dem Seminar per E-Mail verschickt.

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