Die Multi-Parameter Analyse von heterogenen Zellgemischen auf Einzelzellebene ist eine der wichtigsten Analysen für das Verständnis biologischer Zusammenhänge und Mechanismen im Kontext von Gesundheit und Krankheit. Die Schlüsseltechnologien sind hierbei die Analyse von Einzelzellen in Suspension mittels Durchflusszytometrie oder Massenzytometrie, sowie die Analyse von Zellen im Gewebekontext mittels Histopathologie oder bildgebender Massenzytometrie.

Die BIH Cytometry Core Facility (BIH CCF) bietet am Campus Virchow Klinikum und am Campus Mitte fachkundigen Service sowie die Nutzung von hochwertigen Geräten für die Multiparameter-Zellanalyse und Zellsortierung an.

Eine enge Kooperation mit den wissenschaftlichen Arbeitsgruppen ermöglicht die gemeinsame Etablierung von neuen Methoden, welche dann allen Nutzern der Core Facility zur Verfügung gestellt werden können. Wir bieten die Möglichkeit zur Generierung von hochwertigen reproduzierbaren Forschungsdaten durch die regelmäßige Kontrolle der Geräte und die Implementierung eines Qualitätsmanagements.

Die Core Facility steht allen Wissenschaftlern (BIH, Charité, andere akademische Forschungseinrichtungen) offen. Die über die Grundausstattung hinausgehenden Personal- und Sachmittel werden über Nutzungsgebühren finanziert.

Sprechen Sie uns gerne jederzeit an, wir freuen uns darauf, Sie bei Ihren Forschungsprojekten zu unterstützen.

Core Facility Service & Information

  • Kontakt

    email: [email protected]
    Telefon:
    @CVK: 030 450 639445
    @CCM: 030 450 639488

  • Zugang & Servicezeiten

    Der Zugang zu Geräten und Services erfolgt über die Plattform OpenIRIS. Eine kurze Anleitung für die ersten Schritte in OpenIRIS finden Sie hier. Bitte beachten Sie die Nutzungsrichtlinien der Core Facility.

    Bitte beachten Sie: Die BIH CCF muss in allen Publikationen, die aus den von der BIH CCF bereitgestellten Services oder der Nutzung der Geräte resultieren, in den Acknowledgements erwähnt werden. Die Geräte wurden teilweise durch Drittmittel finanziert, bitte beachten Sie die Hinweise in der jeweiligen Gerätebeschreibung in OpenIRIS.

    Projektbesprechung

    Wir möchten sicherstellen, dass Sie die beste Unterstützung für Ihr wissenschaftliches Projekt erhalten. Daher erfassen wir zunächst bei einer Projektbesprechung technische Details und Ihren Bedarf an Geräten und Dienstleistungen.

    Die Projektbesprechung für die verschiedenen Technologien kann über OpenIRIS angefordert werden ('Services' - Project Meeting'). Im Rahmen dieser Besprechung erhalten Sie dann Ihren Zugang zu dem jeweiligen Buchungskalender ('Scheduler') bzw. der Serviceanforderung ('Services').

    Zur Vorbereitung der Projektbesprechung benötigen wir das Registrierungsformular für die gewünschte Technologie. Bitte füllen Sie es aus und laden es in der Anforderung für die Projektbesprechung hoch:

    • Registrierung Durchflusszytometrie (Zellsortierung und Zellanalyse) - download
    • Registrierung Massenzytometrie - download
    • Registrierung Bildgebende Massenzytometrie - download

    Massenzytometrie (CyTOF/Helios) & Bildgebende Massenzytometrie (IMC/Hyperion):

    • Wenn Sie zum ersten Mal massenzytometrische Experimente planen, wenden Sie sich bitte mindestens drei Monate vor dem voraussichtlichen Beginn der Experimente, möglichst noch vor der ersten Probenentnahme, an das Team der Charité | BIH Cytometry Core, um einen Termin für ein Projekttreffen zu verabreden. Die Aufbereitung und Konservierung der Proben ist für die Massenzytometrie ein kritischer Faktor und sollte daher vorab besprochen werden.
    • Bitte kontaktieren Sie uns ebenfalls spätestens 6 Wochen vor Beginn eines jeden neuen Projektes um technische und zeitliche Machbarkeit des neuen Projektes zu diskutieren.


    Servicezeiten

    Analysegeräte (Durchflusszytometrie) können jederzeit selbständig genutzt werden. Gerätetraining, Zellsortierung und Massenzytometrie werden während der Servicezeiten der Core Facility angeboten. Buchungen außerhalb dieser Zeiten können auf Anfrage für bestimmte Projekte angeboten werden.

    CVK
    Dienstag - Donnerstag: 10.00 - 20.30 Uhr
    Freitag: 10.00 - 17.30 Uhr

    Zellsortierung CCM
    Dienstag: 10.30 -  17.30 Uhr
    Mittwoch: 10.30 - 17.30 Uhr
    Freitag: 10.30 - 14.30 Uhr

  • Durchflusszytometrie (Analyse und Zellsortierung)

    Die Durchflusszytometrie ermöglicht die Analyse von Zellen innerhalb einer heterogenen Probe auf Einzelzellenebene anhand einer Vielzahl an Parametern bei hohem Durchsatz. Zellen können ausserdem zur weiteren Analyse sortiert werden, z.B. für in vitro Experimente oder Sequenzierungen. Die Zellsortierung kann im 'bulk' durchgeführt werden oder als 'single cells' in 96-Well-Platten / 384-Well-Platten abgelegt werden.

    Die Konfigurationen der Geräte können durch Klick auf den Gerätenamen unten heruntergeladen werden.

    Bitte beachten Sie, dass für Arbeiten mit gentechnisch veränderten Organismen (GVO) vorab Formalitäten erforderlich sind. Alle Labore sind nach Schutzstufe 2 eingerichtet, so dass auch Arbeiten mit S2 GVO durchgeführt werden können.

    Zellanalyse (Durchflusszytometrie)

    Analysegeräte können nach erfolgreich absolviertem Basistraining selbständig genutzt werden. Die Analysegeräte können jederzeit über OpenIRIS bis zu 14 Tage im Voraus gebucht werden ('Scheduler'). Das Gerätetraining kann über 'Services' - 'Training Flow Cytometry' angefragt werden. Die Nutzung unter Aufsicht/mit Unterstützung erfolgt nach Absprache.

    Ausstattung
    CVK Standort: Cantoll "Thalia", Aurora “Rory”, Aurora “Paris” (5 Laser full spectrum analyser)
    CCM Standort: Symphony A3 "Polyhymnia" 
    BIMSB Standort: Aurora "Lane" (5 Laser full spectrum analyser)

    Zellsortierung

    Die Zellsortierung wird als Service angeboten (staff-operated). Termine können bis zu 14 Tage im Voraus über OpenIRIS ('Scheduler') gebucht werden.

    Ausstattung
    CVK Standort: AriaII SORP "Calliope", Aurora CS "Luke" (5 Laser full spectrum cell sorter)
    CCM Standort: AriaFusion "Terpsichore"

    Training - Durchflusszytometrie

    Das Basistraining besteht zunächst aus 4 praktischen Übungen. Es wird als Einzeltraining angeboten und ist obligatorisch, um die Analysegeräte selbständig nutzen zu können. Das Training für die verschiedenen Durchflusszytometer kann über OpenIRIS ('Services' - 'Training Flow Cytometry') angefordert werden. 

    Zusätzlich zu unserem Basistraining bieten wir Schulungen zu speziellen Themen an, z.B. automatische Kompensation und Verwendung von Qualitätskontrollen für Langzeitstudien. Bitte kontaktieren Sie uns für Details.

  • Massenzytometrie

    Wie bei der konventionellen Durchflusszytometrie werden bei der Massenzytometrie (CyTOF - Cytometry by Time-of-Flight) Zellen innerhalb einer heterogenen Probenflüssigkeit auf Einzelzell-Ebene für eine Vielzahl von Parametern analysiert (Schema). Anstatt Antigene über Fluorochrom-markierte Antikörper zu binden und somit auf die Anzahl an spektral auflösbaren Fluorochromen beschränkt zu sein, verwendet die Massenzytometrie Metallisotop-markierte Antikörper, die mittels ihrer Flugzeit (time-of-flight, TOF) analysiert werden. Dies ermöglicht die Analyse von derzeit mehr als 40 Parametern pro Zelle und eine tiefgehende Charakterisierung von Phänotyp und Funktion (siehe Protokollbeispiel hier)

    Probenmessung

    Die Messung von Proben mittels Massenzytometrie wird als Service angeboten ('staff operated'. Die Anforderung von Messterminen erfolgt über OpenIRIS ('Services' - 'Mass Cytometry - Sample Acquisition') unter Angabe des Wunschtermins. Warten Sie vor dem Start eines Experimentes bitte unbedingt auf die Bestätigung der Buchung durch die Core Facility. Die Verfügbarkeit der Messzeit kann je nach Probenanzahl und Art der Proben variieren. Der Start der Messung kann anhand von anderen Buchungen am gleichen Tag von der gewünschten Zeit abweichen. Falls der gewünschte Termin nicht zur Verfügung steht bieten wir einen Ausweichtermin an.

  • Bildgebende Massenzytometrie

    Die bildgebende Massenzytometrie (Imaging Mass Cytometry (IMC)) ist eine Methode für die gezielte und Epitop-spezifische Multiparameter-Analyse von Gewebeschnitten (Schema). Im Gegensatz zur konventionellen Immunhistochemie und Immunfluoreszenz ermöglicht diese Technologie die gleichzeitige Detektion von mehr als 35 spezifischen Markern auf dem Gewebe durch die Verwendung von Metallisotopen und deren verschiedene Massen als Analyten. Gewebeschnitte werden mit Epitop-spezifischen Metallisotop-gekoppelten Antikörpern markiert und das Gewebe in 1x1 µm-Spots (0.5x0.5µm und 0.3x0.3µm ebenfalls möglich) von einem Laser abgetragen. Dieses abgetragene Material wird in das Massenzytometer transportiert und der Anteil der Metallionen jedes Pixels anhand ihrer Flugzeit (Time-of-Flight, TOF) massenspektrometrisch analysiert. Die Signale werden dann als multiparametrisches Bild dargestellt und können durch Bildbearbeitungsprogramme ausgewertet werden.

    Messung von Gewebeschnitten

    Die bildgebende Massenzytometrie wird als Service bzw. assistierte Nutzung angeboten. Die Messung von Gewebeschnitten wird über OpenIRIS ('Services' - 'Imaging Mass Cytometry - Sample Acquisition') unter Angabe eines Wunschtermine/einer Frist angemeldet und dann von uns koordiniert. Längere Messungen erfolgen in der Regel über Nacht oder über das Wochenende. Bitte melden Sie Messungen so früh wie möglich an.

  • Antikörperkopplung (Massenzytometrie)

    Für die Massenzytometrie werden Antikörper verwendet, die an Metallisotope gekoppelt sind. Diese markierten Antikörper können über den Hersteller bezogen werden. Alternativ, insbesondere bei Antikörper-Isotop-Kombinationen, die nicht kommerziell verfügbar sind, können aufgereinigte Antikörper mittels Kopplungskit mit dem entsprechenden Metallisotop gekoppelt werden. Dies ermöglicht die Verwendung von nahezu allen Antikörpern, die aufgereinigt verfügbar sind.

    Wir bieten die Kopplung von Antikörpern mittels Kopplungskit als Service an, aber auch die Bereitstellung der Reagenzien zur selbständigen Kopplung.

    Die Antikörperkopplung kann über OpenIRIS angefordert werden ('Services' - 'Mass Cytometry - Antibody Labeling Service').

  • Tissue-Microarrays

    Mit dem Minicore3 können Gewebestanzen zu einem Gewebe-Mikroarray (Tissue Microarray, TMA) auf einem Paraffinblock kombiniert werden (Schema). Die Tissue-Microarray-Technik ermöglicht eine effiziente Analyse, da hunderte Gewebeproben hierbei auf einem Objektträger platziert werden können. Dies ermöglicht eine Untersuchung mit verschiedenen In-situ-Verfahren (z.B. IMC, Immunfluoreszenz) in einem Durchgang und unter denselben standardisierten Bedingungen.

    Das Minicore3 kann nach Einweisung selbständig genutzt werden. Bitte kontaktieren Sie uns bezüglich der weiteren Absprache.

  • Team

    Dr. Désirée Kunkel
    Leitung BIH CCF
    Tel: +49 (0)30 450 639 446
    [email protected]

    Dr. Jacqueline Keye
    stellvertr. Leitung
    +49 (0)30 450 -639 445
    [email protected]

    Dr. Franziska Nowak
    +49 (0)30 450 -639 488
    [email protected]

    Felicia Kruse
    +49 (0)30 450 -639 445 (@CVK) / -639488 (@CCM)
    [email protected]

    Leona Simon
    +49 (0)30 450 -639 445
    [email protected]

    Dr. Yasmina Rodriguez Sillke
    [email protected]

    Daria Stekolnikova

    Moritz Schöpe

Standorte

Campus Virchow Klinikum (CVK)
Cranach Haus
Föhrer Straße 15 / Südstraße 2 (Campus)
Raum 1.0070

Campus Charité Mitte (CCM)
Rahel Hirsch Center
Luisenstrasse 65
Raum 01 201

[email protected]

Links

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