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Single-Cell-Long-Read-Sequenzierung – also das Auslesen sehr langer DNA-Fragmente von Einzelzellen – ist äußerst rechenintensiv und nur möglich durch leistungsstarke Computer. Angesichts aktueller und künftiger Aufgaben, für die Therapieentwicklung auf Basis genetischer Informationen riesige Datenmengen zu verarbeiten (Big Data), ist die Geschwindigkeit dieser Sequenzierungen entscheidend. Forscher*innen des BIH Centers for Digital Health um Professor Christian Conrad, Leiter der Arbeitsgruppe „Intelligent Imaging“, und Dr. Harald Wagener haben jetzt einen Cloud-basierten Prozess für die Sequenzierung getestet – in Zusammenarbeit mit dem Computerchiphersteller intel und dem Softwareunternehmen Sentieon.

Sentieon entwickelte eine optimierte Software für die Analyse von Long-Read-Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-seq), die bei Proben, die mit Geräten von Oxford Nanopore Technologies (ONT) sequenziert wurden, eine 14-mal höhere Geschwindigkeit erreichte. Die Genomanalyse lief dabei auf Intel® Xeon® Scalable-Prozessoren der 4. Generation. Nach einem Jahr wurde die Zusammenarbeit zwischen BIH, Intel und Sentieon im Juli 2023 abgeschlossen.