• Center of Digital Health

Digitale Gesundheit

Roland Eils

Roland Eils’ Abteilung am BIH besteht aus vier Arbeitsgruppen: Künstliche Intelligenz (Roland Eils), Computergestützte Onkologie (Naveed Ishaque), Health Data (Harald Wagener, Sven Twardziok, Dirk Meyer zum Büschenfelde) und Medical Omics (Sören Lukassen). Die Abteilung gehört dem BIH Zentrum für Digitale Gesundheit an; Roland Eils ist der Chair und Gründungsdirektor dieses Zentrums.

Prof. Dr. Roland Eils

Gründungsdirektor des BIH-Zentrums Digitale Gesundheit

Telefon:
+49 30 450 543 084
E-Mail:
roland.eils[at]bih-charite.de
Anschrift:
Luisenstr. 65
10117 Berlin

Roland Eils leitet auch den Hub for Innovations in Digital Health, HiDiH, einen Zusammenschluss seiner BIH Abteilung und der Health Data Science Unit der Medizinischen Fakultät der Universität Heidelberg. Des Weiteren ist Roland Eils ein aktives Mitglied der Medizininformatik Initiative, wo er das HiGHmed Konsortium gegründet hat und dieses koordiniert. HiGHmed vereint 10 Universitätsmedizin Zentren, die gemeinsam interoperable Lösungen und Infrastrukturen für das Prozessieren und Teilen von klinischen und translationalen Forschungsdaten entwickeln.

Künstliche Intelligenz - ailslab

Roland Eils hat ein kleines, aber höchst innovatives Team aus jungen Wissenschaftler*innen und Student*innen zusammengestellt, das sich mit den verschiedenen Aspekten der Digitalen Gesundheit befasst. Das ailslab konzentriert sich vor allem auf innovative Methoden aus dem Feld der künstlichen Intelligenz für wegweisende digitale Gesundheitsanwendungen. Im Mittelpunkt dieses Labors steht die integrierte Analyse riesiger, umfassender Datensätze, sowohl aus dem Gesundheitswesen als auch aus der Forschung, um die Bewältigung dringender Probleme im Bereich Gesundheit und Krankheit anzugehen. Ziel ist es, unser Verständnis von Krankheitsmechanismen zu vertiefen und gleichzeitig die Diagnose- und Therapiemöglichkeiten für Patienten mit kardiovaskulären Erkrankungen oder Krebsleiden zu verbessern. Derzeitige Projekte beschäftigen sich mit Risikomodellen kardiovaskulärer Erkrankungen, omni-genetischen Phenotypmodellen und der Ausarbeitung einer Modell-zu-Daten Infrastruktur, um medizinische Patientendaten auch für die Forschung nutzbar zu machen. Weitere Informationen zu aktuellen Projekten finden Sie unter diesem Link: https://www.hidih.org/research/ailslab.

Ausgewählte Publikationen Roland Eils, Artificial Intelligence

  • Ausgewählte Publikationen Roland Eils, Artificial Intelligence

    - Hegselmann S., von Arnim G., Rheude T., et. al. (2025). Large Language Models are Powerful Electronic Health Record Encoders. arXiv:2502.17403. https://doi.org/10.48550/arXiv.2502.17403

    - Rheude T., Eils R., Wild B. (2026). Fusion or Confusion? Multimodal Complexity Is Not All You Need. arXiv:2512.22991. https://doi.org/10.48550/arXiv.2512.22991

    - Steinfeldt J., Wild B., Buergel T. et al. Medical history predicts phenome-wide disease onset and enables the rapid response to emerging health threats. (2025) Nat Commun 16, 585. https://doi.org/10.1038/s41467-025-55879-x

    - Sandmann S., Hegselmann S., Fujarski M. et al. Benchmark evaluation of DeepSeek large language models in clinical decision-making. (2025). Nat Med 31, 2546–2549. https://doi.org/10.1038/s41591-025-03727-2

    - Duan Q., Huang B., Song Z. et.al. JanusDNA: A Powerful Bi-directional Hybrid DNA Foundation Mode (2025). https://neurips.cc/virtual/2025/loc/san-diego/poster/119543

    - Trump, S.*, Lukassen, S.*, Anker, M.S.*, Chua, R.L.*, Liebig, J.*, Thurmann, L.*, Corman, V.M.*, Binder, M.*, Loske, J., Klasa, C., Krieger, T., Hennig, B.P., Messingschlager, M., Pott, F., Kazmierski, J., Twardziok, S., Albrecht, J.P., Eils, J., Hadzibegovic, S., Lena, A., Heidecker, B., Burgel, T., Steinfeldt, J., Goffinet, C., Kurth, F., Witzenrath, M., Volker, M.T., Muller, S.D., Liebert, U.G., Ishaque, N., Kaderali, L., Sander, L.E., Drosten, C., Laudi, S.§, Eils, R.§, Conrad, C.§, Landmesser, U.§, & Lehmann, I.§ (2020). Hypertension delays viral clearance and exacerbates airway hyperinflammation in patients with COVID-19. Nature Biotechnology doi: 10.1038/s41587-020-00796-1

    - Chua, R.L.*, Lukassen, S.*,Trump, S.*, Hennig, B.P.*, Wendisch, D.*, Pott, F., Debnath, O., Thürmann, L., Kurth, F., Völker, M.T., Kazmierski, J., Timmermann, B., Twardziok, S., Schneider, S., Machleidt, F., Müller-Redetzky, H., Maier, M., Krannich, A., Schmidt, S., Balzer, F., Liebig, J., Loske, J., Suttorp, N., Eils, J., Ishaque, N., Liebert, U.G., von Kalle, C., Hocke, A., Witzenrath, M., Goffinet, C., Drosten, C., Laudi, S.§,Lehmann, I., Conrad, C.§, Sander, L.-E.§ & Eils, R.§ (2020). COVID-19 severity correlates with airway epithelium-immune cell interactions identified by single-cell analysis. Nature Biotechnology doi: 10.1038/s41587-020-0602-4

    - Lukassen, S.*, Chua, R. L.*, Trefzer, T.*, Kahn, N.C.*, Schneider, M.A.*, Muley, T., Winter, H., Meister, M., Veith, C., Boots, A.W., Hennig, B.P., Kreuter, M.§, Conrad, C.§, & Eils, R.§ (2020). SARS-CoV-2 receptor ACE2 and TMPRSS2 are primarily expressed in bronchial transient secretory cells. EMBO Journal, 39(10), doi: 10.15252/embj.20105114

    - Upmeier zu Belzen, J., Bürgel, T., Holderbach, S., Bubeck, F., Adam, L., Gandor, C., Klein, M., Mathony, J., Pfuderer, P. L., Platz, L., Przybilla, M., Schwendemann, M., Heid, D., Hoffmann, M. D., Jendrusch, M., Schmelas, C., Waldhauer, M., Lehmann, I., Niopek, D.§ & Eils, R.§ (2019). Leveraging implicit knowledge in neural networks for functional dissection and engineering of proteins. Nature Machine Intelligence 1, 225-235. doi: 10.1038/s42256-019-0049-9

    - Zapatka, M.*, Borozan, I.*, Brewer, D.S.*, Iskar, M.*, Grundhoff, A., Alawi, M., Desai, N., Cooper, C.S., Eils, R., Ferretti, V. & Lichter, P.§ (2020). The landscape of viral association in human cancers. Nature Genetics, doi: 10.1101/465757

    - Liu, L.*, Liu, C.*, Quintero, A.*, Wu, L*., Yuan, Y.*, Wang, M., Cheng, M., Leng, L., Xu, L., Dong, G., Li, R., Liu, Y., Wei, X., Xu, J., Chen, X., Lu, H., Chen, D., Wang, Q., Zhou, Q., Lin, X., Li, G., Liu, S., Wang, Q., Wang, H., Fink, J.L., Gao, Z., Liu, X., Hou, Y., Zhu, S., Yang, H., Ye, Y., Lin, G., Chen, F., Herrmann, C., Eils, R.§, Shang, Z.§ & Xu, X.§ (2019). Deconvolution of single-cell multi-omics layers reveals regulatory heterogeneity. Nature Communications, 10(1), 470. doi: 10.1038/s41467-018-08205-7

    - Northcott, P. A.*, Buchhalter, I.*, Morrissy, A. S.*, Hovestadt, V., Weischenfeldt, J., Ehrenberger, T., Gröbner, S., Segura-Wang, M., Zichner, T., Rudneva, V. A., Warnatz, H. J., Sidiropoulos, N., Phillips, A. H., Schumacher, S., Kleinheinz, K., Waszak, S. M., Erkek, S., Jones, D. T. W., Worst, B. C., Kool, M., Zapatka, M., Jäger, N., Chavez, L., Hutter, B., Bieg, M., Paramasivam, N., Heinold, M., Gu, Z., Ishaque, N., Jäger-Schmidt, C., Imbusch, C. D., Jugold, A., Hübschmann, D., Risch, T., Amstislavskiy, V., Gonzalez, F. G. R., Weber, U. D., Wolf, S., Robinson, G. W., Zhou, X., Wu, G., Finkelstein, D., Liu, Y., Cavalli, F. M. G., Luu, B., Ramaswamy, V., Wu, X., Koster, J., Ryzhova, M., Cho, Y. J., Pomeroy, S. L., Herold-Mende, C., Schuhmann, M., Ebinger, M.,   Liau, L. M., Mora, J., McLendon, R. E., Jabado, N., Kumabe, T., Chuah, E., Ma, Y., Moore, R. A., Mungall, A. J., Mungall, K. L., Thiessen, N., Tse, K., Wong, T., Jones, S. J. M., Witt, O., Milde, T., Von Deimling, A., Capper, D., Korshunov, A., Yaspo, M. L., Kriwacki, R., Gajjar, A., Zhang, J., Beroukhim, R., Fraenkel, E., Korbel, J. O., Brors, B., Schlesner, M., Eils, R.§, Marra, M. A.§, Pfister, S. M.§, Taylor, M. D.§ & Lichter, P.§ (2017). The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes. Nature. 2017 Jul 19;547(7663):311-317. doi: 10.1038/nature22973

    - Bauer, T.*, Trump, S.*, Ishaque, N.*, Thurmann, L.*, Gu, L.*, Bauer, M.*, Bieg, M., Gu, Z.G., Weichenhan, D., Mallm, J.P., Roder, S., Herberth, G., Takada, E., Mucke, O., Winter, M., Junge, K.M., Grutzmann, K., Rolle-Kampczyk, U., Wang, Q., Lawerenz, C., Borte, M., Polte, T., Schlesner, M., Schanne, M., Wiemann, S., Georg, C., Stunnenberg, H.G., Plass, C., Rippe, K., Mizuguchi, J., Herrmann, C.*, Eils, R.§ & Lehmann, I.§ (2016). Environment-induced epigenetic reprogramming in genomic regulatory elements in smoking mothers and their children. Molecular Systems Biology, 12(3). doi: 10.15252/msb.20156520

    - Jäger, N., Schlesner, M., Jones, David T.W., Raffel, S., Mallm, J.-P., Junge, Kristin M., Weichenhan, D., Bauer, T., Ishaque, N., Kool, M., Northcott, Paul A., Korshunov, A., Drews, Ruben M., Koster, J., Versteeg, R., Richter, J., Hummel, M., Mack, Stephen C., Taylor, Michael D., Witt, H., Swartman, B., Schulte-Bockholt, D., Sultan, M., Yaspo, M.-L., Lehrach, H., Hutter, B., Brors, B., Wolf, S., Plass, C., Siebert, R., Trumpp, A., Rippe, K., Lehmann, I., Lichter, P., Pfister, Stefan M. & Eils, R.§ (2013). Hypermutation of the Inactive X Chromosome Is a Frequent Event in Cancer. Cell, 155(3), 567-581. doi: 10.1016/j.cell.2013.09.042

    - Kohler, S., Boscá, D., Kärcher, F., Haarbrandt, B., Prinz, M., Marschollek, M., & Eils, R. (2023). Eos and OMOCL: Towards a seamless integration of openEHR records into the OMOP Common Data Model. Journal of Biomedical Informatics, 144. doi:ARTN 10443710.1016/j.jbi.2023.104437         

    - Ten, F. W., Yuan, D., Jabareen, N., Phua, Y. J., Eils, R., Lukassen, S., & Conrad, C. (2023). resVAE ensemble: Unsupervised identification of gene sets in multi-modal single-cell sequencing data using deep ensembles. Front Cell Dev Biol, 11, 1091047. doi:10.3389/fcell.2023.1091047

    - Buergel, T., Steinfeldt, J., Ruyoga, G., Pietzner, M., Bizzarri, D., Vojinovic, D., Upmeier Zu Belzen, J., Loock, L., Kittner, P., Christmann, L., Hollmann, N., Strangalies, H., Braunger, J. M., Wild, B., Chiesa, S. T., Spranger, J., Klostermann, F., van den Akker, E. B., Trompet, S., Mooijaart, S. P., Sattar, N., Jukema, J. W., Lavrijssen, B., Kavousi, M., Ghanbari, M., Ikram, M. A., Slagboom, E., Kivimaki, M., Langenberg, C., Deanfield, J., Eils, R., & Landmesser, U. (2022). Metabolomic profiles predict individual multidisease outcomes. Nat Med, 28(11), 2309-2320. doi:10.1038/s41591-022-01980-3 

    - Loske, J., Rohmel, J., Lukassen, S., Stricker, S., Magalhaes, V., Liebig, J., Chua, R., Thurmann, L., Messingschlager, M., Seegebarth, A., Timmermann, B., Klages, S., Ralser, M., Sawitzki, B., Sander, L., Corman, V., Conrad, C., Laudi, S., Binder, M., Trump, S., Eils, R., Mall, M. A., & Lehmann, I. (2022). Pre-activated antiviral innate immunity in the upper airways controls early SARS-CoV-2 infection in children. Nat Biotechnol, 40(3), 319-+. doi:10.1038/s41587-021-01037-9

    - Pietzner, M., Chua, R. L., Wheeler, E., Jechow, K., Willett, J. D. S., Radbruch, H., Trump, S., Heidecker, B., Zeberg, H., Heppner, F. L., Eils, R., Mall, M. A., Richards, J. B., Sander, L. E., Lehmann, I., Lukassen, S., Wareham, N. J., Conrad, C., & Langenberg, C. (2022). ELF5 is a potential respiratory epithelial cell-specific risk gene for severe COVID-19. Nat Commun, 13(1), 4484. doi:10.1038/s41467-022-31999-6

    - Prokosch, H. U., Bahls, T., Bialke, M., Eils, J., Fegeler, C., Gruendner, J., Haarbrandt, B., Hampf, C., Hoffmann, W., Hund, H., Kampf, M., Kapsner, L. A., Kasprzak, P., Kohlbacher, O., Krefting, D., Mang, J. M., Marschollek, M., Mate, S., Muller, A., Prasser, F., Sass, J., Semler, S., Stenzhorn, H., Thun, S., Zenker, S., & Eils, R. (2022). The COVID-19 Data Exchange Platform of the German University Medicine. Stud Health Technol Inform, 294, 674-678. doi:10.3233/SHTI220554

    - Steinfeldt, J., Buergel, T., Loock, L., Kittner, P., Ruyoga, G., Zu Belzen, J. U., Sasse, S., Strangalies, H., Christmann, L., Hollmann, N., Wolf, B., Ference, B., Deanfield, J., Landmesser, U., & Eils, R. (2022). Neural network-based integration of polygenic and clinical information: development and validation of a prediction model for 10-year risk of major adverse cardiac events in the UK Biobank cohort. Lancet Digit Health, 4(2), e84-e94. doi:10.1016/S2589-7500(21)00249-1

    - Landmesser, U., Lehmann, I., & Eils, R. (2021). Hyperinflammation as underlying mechanism predisposing patients with cardiovascular diseases for severe COVID-19. European Heart Journal, 42(18), 1720-1721. doi:10.1093/eurheartj/ehab191

    *these authors contributed equally.     §corresponding author

    Die komplette Publikationsliste finden Sie hier

Cancer Bioinformatics

Naveed Ishaque baut derzeit seine eigene Arbeitsgruppe in der BIH Abteilung von Roland Eils auf, die sich speziell für die Entstehung der molekularbiologischen Heterogenität verschiedener Erkrankungen interessiert. Für die computergestützte Analyse der -omics Daten werden vor allem diverse Methoden der künstlichen Intelligenz und Data Science angewandt, um die grundlegenden Mechanismen der Heterogenität zu untersuchen. Ein weiterer Fokus liegt auf der Analyse der Interaktionen zwischen verschiedenen -omics Daten. Das Team zeichnet sich durch eine hohe Expertise im Bereich der Onkologie aus, weitet momentan aber das Interessenfeld auch auf immunologische Fragestellungen und neurodegenerativen Erkrankungen aus. 

Ein umfassenderes und tieferes Verständnis von globalen und lokalen Mustern in biologischen Datensätzen ist essentiell, um reale biologische und molekulare Prozesse von technischem Rauschen zu unterscheiden. Demnach ist das Team stark an Kollaborationen mit Experten der Molekularbiologie und experimenteller Methodenentwicklung interessiert, die hochwertige large-scale und hochdimensionale Datensätze bereitstellen können und mittels neuester und innovativer Techniken erstellt wurden. Besonderes Interesse hat das Team an Datensätzen aus aktuellen technologischen Entwicklungen im weiten Feld der Einzelzellsequenzierung sowie räumlicher, zeitlicher und genetischer Heterogenität.

Detaillierte Informationen zu Projekten rund um multiomic Daten und personalisierte Onkologie, Immunologie und Allergien, oder räumlich-aufgelöste Transcriptomics finden Sie unter https://www.hidih.org/research/computational-oncology.

Publikationen - Cancer Bioinformatics

  • Ausgewählte Publikationen Naveed Ishaque, Cancer Bioinformatics

    - Müller-Bötticher N., Sahay S., Eils R. et al. (2025). SpatialLeiden: spatially aware Leiden clustering. Genome Biol 26, 24. https://doi.org/10.1186/s13059-025-03489-7

    - Müller-Bötticher N., Tiesmeyer S., Eils R., Ishaque N. (2025). Sainsc: A Computational Tool for Segmentation-Free Analysis of In Situ Capture Data. Small Methods 9, 2401123. https://doi.org/10.1002/smtd.202401123

    - Nonn O., Debnath O., Valdes D. S. et.al. (2025). Senescent syncytiotrophoblast secretion during early onset preeclampsia. Hypertension 82 (5), 787-799. https://doi.org/10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.23362

    - Tiesmeyer S., Müller-Bötticher N., Malt A. et. al. (2025). 2D, or not 2D? Investigating Vertical Signal Integrity of Tissue Slices. bioRxiv.01.13.632601. https://doi.org/10.1101/2025.01.13.632601

    - Garrard C., Heil K.F., Aspromonte M.C. et al. (2025). Fostering and sustaining collaborative innovation: Insights from ELIXIR Europe's life science Communities [version 1; peer review: 2 approved]. F1000Research 14(ELIXIR):884. https://doi.org/10.12688/f1000research.168288.1

    - Nina Hensel*, Zuguang Gu*, Sagar*, Dominik Wieland, Katharina Jechow, Janine Kemming, Sian Llewellyn-Lacey, Emma Gostick, Oezlem Sogukpinar, Florian Emmerich, David A. Price, Bertram Bengsch, Tobias Boettler, Christoph Neumann-Haefelin, Roland Eils, Christian Conrad, Ralf Bartenschlager, Dominic Grün, Naveed Ishaque§, Robert Thimme§ & Maike Hofmann§ (2021). Memory-like HCV-specific CD8+ T cells retain a molecular scar after cure of chronic HCV infection. Nature Immunology  https://doi.org/10.1038/s41590-020-00817-w

    - Trump, S.*, Lukassen, S.*, Anker, M.S.*, Chua, R.L.*, Liebig, J.*, Thurmann, L.*, Corman, V.M.*, Binder, M.*, Loske, J., Klasa, C., Krieger, T., Hennig, B.P., Messingschlager, M., Pott, F., Kazmierski, J., Twardziok, S., Albrecht, J.P., Eils, J., Hadzibegovic, S., Lena, A., Heidecker, B., Burgel, T., Steinfeldt, J., Goffinet, C., Kurth, F., Witzenrath, M., Volker, M.T., Muller, S.D., Liebert, U.G., Ishaque, N., Kaderali, L., Sander, L.E., Drosten, C., Laudi, S.§, Eils, R.§, Conrad, C.§, Landmesser, U.§, & Lehmann, I.§ (2020). Hypertension delays viral clearance and exacerbates airway hyperinflammation in patients with COVID-19. Nature Biotechnology doi: 10.1038/s41587-020-00796-1

    - Ahmed Sadik*, Luis F Somarribas Patterson*, Selcen Öztürk*, Soumya R Mohapatra, Verena Panitz, Philipp F Secker, Pauline Pfänder, Stefanie Loth, Heba Salem, Mirja Tamara Prentzell, Bianca Berdel, Murat Iskar, Erik Faessler, Friederike Reuter, Isabelle Kirst, Verena Kalter, Kathrin I Foerster, Evelyn Jäger, Carina Ramallo Guevara, Mansour Sobeh, Thomas Hielscher, Gernot Poschet, Annekathrin Reinhardt, Jessica C Hassel, Marc Zapatka, Udo Hahn, Andreas von Deimling, Carsten Hopf, Rita Schlichting, Beate I Escher, Jürgen Burhenne, Walter E Haefeli, Naveed Ishaque, Alexander Böhme, Sascha Schäuble, Kathrin Thedieck, Saskia Trump§, Martina Seiffert§, Christiane A Opitz§ (2020).  IL4I1 Is a Metabolic Immune Checkpoint that Activates the AHR and Promotes Tumor Progression. Cell https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.07.038

    - Park, J.*, Choi, W.*, Tiesmeyer, S., Long, B., Borm, L.E., Garren, E., Nguyen, T.N., Codeluppi, S., Schlesner, M., Tasic, B., Eils, R.§ & Ishaque, N.§ (2019). Segmentation-free inference of cell types from in situ transcriptomics data. bioRxiv, doi: 10.1101/800748 

    - Mallm, J.-P.*, Iskar, M.*, Ishaque, N.*, Klett, L.C., Kugler, S.J., Muino, J.M., Teif, V.B., Poos, A.M., Großmann, S., Erdel, F., Tavernari, D., Koser, S.D., Schumacher, S., Brors, B., König, R., Remondini, D., Vingron, M., Stilgenbauer, S., Lichter, P., Zapatka, M., Mertens, D.§ & Rippe, K.§ (2019). Linking aberrant chromatin features in chronic lymphocytic leukemia to transcription factor networks. Molecular Systems Biology, 22;15(5):e8339. doi: 10.15252/msb.20188339

    - Ishaque, N.*, Abba, M.L.*, Hauser, C., Patil, N., Paramasivam, N., Huebschmann, D., Leupold, J.H., Balasubramanian, G.P., Kleinheinz, K., Toprak, U.H., Hutter, B., Benner, A., Shavinskaya, A., Zhou, C., Gu, Z., Kerssemakers, J., Marx, A., Moniuszko, M., Kozlowski, M., Reszec, J., Niklinski, J., Eils, J., Schlesner, M., Eils, R., Brors, B. & Allgayer, H.§ (2018). Whole genome sequencing puts forward hypotheses on metastasis evolution and therapy in colorectal cancer. Nature Communications, 9(1), 4782. doi: 10.1038/s41467-018-07041-z

    - Zuguang Gu, Roland Eils, Matthias Schlesner & Naveed Ishaque (2018). EnrichedHeatmap: an R/Bioconductor package for comprehensive visualization of genomic signal associations. BMC Bioinformatics https://doi.org/10.1186/s12864-018-4625-x

    - Tiesmeyer, S., Sahay, S., Muller-Botticher, N., Eils, R., Mackowiak, S. D., & Ishaque, N. (2022). SSAM-lite: A Light-Weight Web App for Rapid Analysis of Spatially Resolved Transcriptomics Data. Frontiers in Genetics, 13, 7. doi:10.3389/fgene.2022.785877

    - Krieger, T. G., Le Blanc, S., Jabs, J., Ten, F. W., Ishaque, N., Jechow, K., Debnath, O., Leonhardt, C. S., Giri, A., Eils, R., Strobel, O., & Conrad, C. (2021). Single-cell analysis of patient-derived PDAC organoids reveals cell state heterogeneity and a conserved developmental hierarchy. Nat Commun, 12(1), 13. doi:10.1038/s41467-021-26059-4

    - Park, J., Choi, W., Tiesmeyer, S., Long, B., Borm, L. E., Garren, E., Nguyen, T. N., Tasic, B., Codeluppi, S., Graf, T., Schlesner, M., Stegle, O., Eils, R., & Ishaque, N. (2021). Cell segmentation-free inference of cell types from in situ transcriptomics data. Nat Commun, 12(1), 13. doi:10.1038/s41467-021-23807-4

Health Data

Health Data

Das Heath Data Team konzentriert sich vor allem auf Prozesse der Medizininformatik und Bioinformatik. Das Team arbeitet an der Automatisierung von Bioinformatik-Workflows für die biomedizinische Forschung und stellt Serviceprogramme für das Datenmanagement sowie die Infrastruktur für den schnellen und sicheren Transfer neuer wissenschaftlicher Erkenntnisse in die Gesundheitsversorgung zur Verfügung. Speziell hier ist eine der größten Herausforderungen der Umgang mit dem kontinuierlich wachsenden Anteil sensitiver Patientendaten, beispielsweise durch smart wearables oder next-generation sequencing Genomdaten. Der Umgang und das Prozessieren solcher riesigen Datensätze in der alltäglichen Routinediagnostik benötigen neue Infrastruktur- und IT-Lösungen. Auch hier setzt das Health Data Team an und arbeitet an large-scale IT und Cloud-Lösungen, vor allem in der de.NBI cloud. Das Health Data Team ist sowohl in Berlin als auch Heidelberg lokalisiert. Weitere Informationen finden Sie unter https://www.hidih.org/research/health-data.

Ausgewählte Publikationen Health Data

  • Ausgewählte Publikationen Health Data

    - Braun M., Kanitz A., Krüger J., Kraatz L., Miranda J, Schelp C., … Twardziok S. (2025). Secure Processing Environments as a Service in the de.NBI Cloud. doi: 10.37044/osf.io/pzmue_v1

    - Raab R., Küderle A., Zakreuskaya A., ... Eils R, Wagener H., Eskofier B. (2023). Federated electronic health records for the European Health Data Space. Lancet Digital Health, Vol. 5, Issue 11. doi: 10.1016/S2589-7500(23)00156-5 

    - Canham S., Ohman C., Demotes-Mainard et al. (2023) . Final HealthyCloud Strategic Agenda for the Health Research Innovation Cloud. Zenodo. doi: 10.5281/ZENODO.7331831 

    - David R., Rybina A., Burel JM., Heriche JK.; Audergon P.,  et al.  (2023). "Be sustainable": EOSC-Life recommendations for implementation of FAIR principles in life science data handling. EMBO Journal, doi: 10.15252/embj.2023115008

    - ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium (2020). Pan-cancer Analysis of Whole Genomes, Nature, 578(7793), 82-93, doi: 10.1038/s41586-020-1969-6

    - Yakneen, S.§, Waszak, S.M., PCAWG Technical Working Group, Gertz, M., Korbel, J. O.§, PCAWG Consortium (2020). Bulter enables rapid cloud-based analysis of thousands of human genomes. Nature Biotechnology, Epub ahead of print, doi: 10.1038/s41587-019-0360-3

    - Ishaque, N.*, Abba, M.L.*, Hauser, C., Patil, N., Paramasivam, N., Huebschmann, D., Leupold, J.H., Balasubramanian, G.P., Kleinheinz, K., Toprak, U.H., Hutter, B., Benner, A., Shavinskaya, A., Zhou, C., Gu, Z., Kerssemakers, J., Marx, A., Moniuszko, M., Kozlowski, M., Reszec, J., Niklinski, J., Eils, J., Schlesner, M., Eils, R., Brors, B. & Allgayer, H.§ (2018). Whole genome sequencing puts forward hypotheses on metastasis evolution and therapy in colorectal cancer. Nature Communications, 9(1), 4782. doi: 10.1038/s41467-018-07041-z

    - Gröbner, S.N.*, Worst, B.C.*, Weischenfeldt, J., Buchhalter, I., Kleinheinz, K., Rudneva, V.A., Johann, P.D., Balasubramanian, G.P., Segura-Wang, M., Brabetz, S., Bender, S., Hutter, B., Sturm, D., Pfaff, E., Hubschmann, D., Zipprich, G., Heinold, M., Eils, J., Lawerenz, C., Erkek, S., Lambo, S., Waszak, S., Blattmann, C., Borkhardt, A., Kuhlen, M., Eggert, A., Fulda, S., Gessler, M., Wegert, J., Kappler, R., Baumhoer, D., Burdach, S., Kirschner-Schwabe, R., Kontny, U., Kulozik, A.E., Lohmann, D., Hettmer, S., Eckert, C., Bielack, S., Nathrath, M., Niemeyer, C., Richter, G.H., Schulte, J., Siebert, R., Westermann, F., Molenaar, J.J., Vassal, G., Witt, H., Burkhardt, B., Kratz, C.P., Witt, O., van Tilburg, C.M., Kramm, C.M., Fleischhack, G., Dirksen, U., Rutkowski, S., Fruhwald, M., von Hoff, K., Wolf, S., Klingebiel, T., Koscielniak, E., Landgraf, P., Koster, J., Resnick, A.C., Zhang, J., Liu, Y., Zhou, X., Waanders, A.J., Zwijnenburg, D.A., Raman, P., Brors, B., Weber, U.D., Northcott, P.A., Pajtler, K.W., Kool, M., Piro, R.M., Korbel, J.O., Schlesner, M., Eils, R., Jones, D.T.W., Lichter, P., Chavez, L.§, Zapatka, M.§, Pfister, S.M.§ (2018). The landscape of genomic alterations across childhood cancers. Nature, 559(7714), 321-327, doi: 10.1038/s41586-018-0167-2

    - Reisinger, E.§, Genthner, L., Kerssemakers, J., Kensche, P., Borufka, S., Jugold, A., Kling, A., Prinz, M., Scholz, I., Zipprich, G., Eils, R., Lawerenz, C., Eils, J. (2017). OTP: An automatized system for managing and processing NGS data. Journal of Biotechnology, 10(261), 53-62, doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.08.006

    - Raab, R., Kuderle, A., Zakreuskaya, A., Stern, A. D., Klucken, J., Kaissis, G., Rueckert, D., Boll, S., Eils, R., Wagener H., & Eskofier, B. M. (2023). Federated electronic health records for the European Health Data Space. Lancet Digit Health, 5(11), e840-e847. doi:10.1016/S2589-7500(23)00156-5

    *these authors contributed equally.     §corresponding author

AG Eils - Mitarbeiter*innen
Leitung Center- und Projektmanagement Dr. Friedrich, Alexandra [email protected] 030450643106
Projektmanager Dr. Canitz, Carsten [email protected] 030450581070
Projektmanagerin Müller, Franziska [email protected] 030450543085
Projektmanagerin Dr. Schubert, Vivien [email protected] 030450543144
Projektmanagerin Dr. Schütz, Tatjana [email protected] 030450543151
Projektmanagerin Seidemann, Britta [email protected] 030450543131
Projektmanagerin Wächter, Sarah [email protected] 030450543139
Persönliche Assistentin Prof. Dr. Roland Eils Zimanji, Ann-Kathrin [email protected] 030450643088
Artificial Intelligence
Gründungsdirektor Zentrum für Digitale Gesundheit Prof. Dr. Eils, Roland [email protected] 030450543084
Nachwuchsgruppenleitung Dr. Wild, Benjamin [email protected]  
Wissenschaftliche Mitarbeiterin Bodur, Leylanur [email protected]  
Postdoc Cen, Xiaoping [email protected]  
Doktorand Duan, Qihao [email protected]  
Doktorand (geteilt mit Maik Pietzner) Kohleick, Leonhard [email protected]  
Studentischer Mitarbeiter Kronenberg, Noel Leon [email protected]  
Doktorand Nennen, Luca Marc [email protected]  
Doktorand Rheude, Tillmann [email protected]  
Doktorand Upmeier zu Belzen, Julius Valten [email protected]  
Doktorand von Arnim, Georg [email protected]  
Student von Lipinski, Vincent-Noah [email protected]  
Doktorand Wang, Oscar Oscar.wang@bih-charite  
Health Data | Cloud & IT, Data Management, Medizininformatik
Gruppenleiter Cloud & IT Wagener, Harald [email protected] 030450543087
Wissenschaftlicher Mitarbeiter Bauer, Jochen [email protected]  
IT-Systemintegration Boshof, Max Jonas [email protected]  
Cloud-Entwickler Braun, Martin [email protected] 030450543107
Wissenschaftlicher Mitarbeiter Buggedei, Christian [email protected]  
Azubi Systemintegration Stöwer, David Julian [email protected]  
IT-Systemadministrator Mathis, Jakob [email protected]  
IT-Systemadministrator Cloud Schneider, Stefan [email protected] 030450543111
IT-Systemadministrator Cloud Ten, Foo Wei [email protected]  
Health Data | Cloud & IT, Data Management, Medizininformatik (Teil 2)
Gruppenleiter Data Management und Bioinformatik Services Dr. Twardziok, Sven [email protected] 030450543105
Datenmanager Dr. Jentsch, Marcel [email protected] 030450543105
Wissenschftlicher Mitarbeiter Kraatz, Landfried [email protected]  
Bioinformatiker Dr. Schneider-Lunitz, Valentin [email protected] 030450543137
Softwareentwickler Strubel, Philipp [email protected] 030450543095
Datenmanagerin Taron, Ulrike [email protected] 030450543135
Azubi Systemintergration Pieper, Karl-Yannik [email protected]  
Health Data | Cloud & IT, Data Management, Medizininformatik (Teil 3)
Gruppenleiter Medizininformatik Dr. Meyer zum Büschenfelde, Dirk [email protected] 030450543145
Dualer Student Neubauer, Adrian [email protected]  
Kooperationspartner Kohler, Severin [email protected]  
Cancer Bioinformatics
Gruppenleiter Cancer Bioinformatics Ishaque, Naveed, PhD [email protected] 030450543096
Doktorandin Du, Peiru [email protected]  
Postdoc Gavriilidis, Georgios [email protected]  
Doktorand Huang, Kaixin [email protected]  
Doktorand Jiang, Yiheng [email protected]  
Doktorand Last, Timon timon.last@charite.de  
Doktorand Malt, Alexander [email protected] 030450543125
Doktorand Wang, Fei [email protected]  
Doktorandin Wang, Haoxin [email protected]  
Doktorand Xiang, Yizhen [email protected]  
Doktorand Zhang, Jianpeng [email protected]  
Medical Omics
Gruppenleiter Medical Omics Dr. Lukassen, Sören [email protected] 030450543102
Wissenschaftlicher Mitarbeiter Eckhoff, Leonard [email protected]  
Wissenschaftlicher Mitarbeiter Ensminger, Eric [email protected]  
Wissenschaftlicher Mitarbeiter Herzler, Florian [email protected]  
Doktorandin Liu, Ding Ming [email protected]  

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