Unter Nutzung der long-read sequencing Platform von Oxford Nanopore Technologies (ONT) haben die Forscher das nanoranger Protokoll entwickelt, das es erlaubt genetische Informationen aus scRNA-seq cDNA libraries gezielt und flexibel auszulesen. Das Protokoll hilft, somatische Mutationen leichter zu finden und so Leukämiezellen und ihre Subpopulationen zu identifizieren. Das nanoranger Protokoll hilft zudem, eine Reihe von weiteren molekularen Markern auszulesen, wie mitochondriale DNA-Mutationen, Fusionsgene, chimeric antigen receptor (CAR)-Sequenzen oder auch alternative Splicevarianten.
Ihre Ergebnisse zu dem Protokoll nanoranger haben die Forscher kürzlich in Nature Communications veröffentlicht. In der Arbeit präsentieren sie eine Reihe von Anwendungen, wie zum Beispiel die Aufklärung von zellulären Mechanismen, die im Zusammenhang mit dem Ansprechen oder der Resistenz gegenüber einer experimentellen Therapie (Decitabine und Ipilimumab) stehen, die bei der akuten myeloischen Leukämie (AML) im Rahmen einer klinischen Studie getestet wurde. In der Zukunft wird nanoranger dabei helfen, die Entwicklung von Therapieresistenzen bei hämatologischen Neoplasien aufzuklären. Außerdem könnte nanoranger als Werkzeug für die klinisch hämatologische Diagnostik dienen, womit gleichzeitig umfassende Informationen über den Zustand von Leukämie- und Immunzellen erlangt werden können.