BIH Cytometry Core Facility (BIH CCF)

email: cytometry-core@bih-charite.de
Telefon:
@CVK: 030 450 639445
@CCM: 030 450 639488

Der Zugang zu Geräten und Services erfolgt über die Plattform OpenIRIS. Eine kurze Anleitung für die ersten Schritte in OpenIRIS finden Sie hier. Bitte beachten Sie die Nutzungsrichtlinien der Core Facility.

Bitte beachten Sie: Die BIH CCF muss in allen Publikationen, die aus den von der BIH CCF bereitgestellten Services oder der Nutzung der Geräte resultieren, in den Acknowledgements erwähnt werden. Die Geräte wurden teilweise durch Drittmittel finanziert, bitte beachten Sie die Hinweise in der jeweiligen Gerätebeschreibung in OpenIRIS.

Projektbesprechung

Wir möchten sicherstellen, dass Sie die beste Unterstützung für Ihr wissenschaftliches Projekt erhalten. Daher erfassen wir zunächst bei einer Projektbesprechung technische Details und Ihren Bedarf an Geräten und Dienstleistungen.

Die Projektbesprechung für die verschiedenen Technologien kann über OpenIRIS angefordert werden ('Services' - Project Meeting'). Im Rahmen dieser Besprechung erhalten Sie dann Ihren Zugang zu dem jeweiligen Buchungskalender ('Scheduler') bzw. der Serviceanforderung ('Services').

Zur Vorbereitung der Projektbesprechung benötigen wir das Registrierungsformular für die gewünschte Technologie. Bitte füllen Sie es aus und laden es in der Anforderung für die Projektbesprechung hoch:

• Registrierung Durchflusszytometrie (Zellsortierung und Zellanalyse) - download
• Registrierung Massenzytometrie - download
• Registrierung Bildgebende Massenzytometrie - download

Massenzytometrie (CyTOF/Helios) & Bildgebende Massenzytometrie (IMC/Hyperion):

• Wenn Sie zum ersten Mal massenzytometrische Experimente planen, wenden Sie sich bitte mindestens drei Monate vor dem voraussichtlichen Beginn der Experimente, möglichst noch vor der ersten Probenentnahme, an das Team der Charité | BIH Cytometry Core, um einen Termin für ein Projekttreffen zu verabreden. Die Aufbereitung und Konservierung der Proben ist für die Massenzytometrie ein kritischer Faktor und sollte daher vorab besprochen werden.
• Bitte kontaktieren Sie uns ebenfalls spätestens 6 Wochen vor Beginn eines jeden neuen Projektes um technische und zeitliche Machbarkeit des neuen Projektes zu diskutieren.

Servicezeiten

Analysegeräte (Durchflusszytometrie) können jederzeit selbständig genutzt werden. Gerätetraining, Zellsortierung und Massenzytometrie werden während der Servicezeiten der Core Facility angeboten. Buchungen außerhalb dieser Zeiten können auf Anfrage für bestimmte Projekte angeboten werden.

CVK
Dienstag - Donnerstag: 10.00 - 20.30 Uhr
Freitag: 10.00 - 17.30 Uhr

Zellsortierung CCM
Dienstag - Donnerstag 10.30 - 17.30 Uhr

Die Durchflusszytometrie ermöglicht die Analyse von Zellen innerhalb einer heterogenen Probe auf Einzelzellenebene anhand einer Vielzahl an Parametern bei hohem Durchsatz. Zellen können ausserdem zur weiteren Analyse sortiert werden, z.B. für in vitro Experimente oder Sequenzierungen. Die Zellsortierung kann im 'bulk' durchgeführt werden oder als 'single cells' in 96-Well-Platten / 384-Well-Platten abgelegt werden.

Die Konfigurationen der Geräte können durch Klick auf den Gerätenamen unten heruntergeladen werden.

Bitte beachten Sie, dass für Arbeiten mit gentechnisch veränderten Organismen (GVO) vorab Formalitäten erforderlich sind.

Zellanalyse (Durchflusszytometrie)

Analysegeräte können nach erfolgreich absolviertem Basistraining selbständig genutzt werden. Die Analysegeräte können jederzeit über OpenIRIS bis zu 14 Tage im Voraus gebucht werden ('Scheduler'). Das Gerätetraining kann über 'Services' - 'Training Flow Cytometry' angefragt werden. Die Nutzung unter Aufsicht/mit Unterstützung erfolgt nach Absprache.

Ausstattung
CVK Standort: Cantoll "Thalia", Aurora “Rory”, Aurora “Paris” (5 Laser full spectrum analyser)
CCM Standort: Symphony A3 "Polyhymnia" 
BIMSB Standort: Aurora "Lane" (5 Laser full spectrum analyser)

Zellsortierung

Die Zellsortierung wird als Service angeboten (staff-operated). Termine können bis zu 14 Tage im Voraus über OpenIRIS ('Scheduler') gebucht werden.

Ausstattung
CVK Standort: AriaII SORP "Calliope", Aurora CS "Luke" (5 Laser full spectrum cell sorter)
CCM Standort: AriaFusion "Terpsichore"

Training - Durchflusszytometrie

Das Basistraining besteht zunächst aus 4 praktischen Übungen. Es wird als Einzeltraining angeboten und ist obligatorisch, um die Analysegeräte selbständig nutzen zu können. Das Training für die verschiedenen Durchflusszytometer kann über OpenIRIS ('Services' - 'Training Flow Cytometry') angefordert werden. 

Zusätzlich zu unserem Basistraining bieten wir Schulungen zu speziellen Themen an, z.B. automatische Kompensation und Verwendung von Qualitätskontrollen für Langzeitstudien. Wir bieten auch Gerätetraining für Benutzer an, die ihre eigenen Geräte verwenden. Bitte kontaktieren Sie uns für Details.

Wie bei der konventionellen Durchflusszytometrie werden bei der Massenzytometrie (CyTOF - Cytometry by Time-of-Flight) Zellen innerhalb einer heterogenen Probenflüssigkeit auf Einzelzell-Ebene für eine Vielzahl von Parametern analysiert (Schema). Anstatt Antigene über Fluorochrom-markierte Antikörper zu binden und somit auf die Anzahl an spektral auflösbaren Fluorochromen beschränkt zu sein, verwendet die Massenzytometrie Metallisotop-markierte Antikörper, die mittels ihrer Flugzeit (time-of-flight, TOF) analysiert werden. Dies ermöglicht die Analyse von derzeit mehr als 40 Parametern pro Zelle und eine tiefgehende Charakterisierung von Phänotyp und Funktion (siehe Protokollbeispiel hier)

Probenmessung

Die Messung von Proben mittels Massenzytometrie wird als Service angeboten ('staff operated'. Die Anforderung von Messterminen erfolgt über OpenIRIS ('Services' - 'Mass Cytometry - Sample Acquisition') unter Angabe des Wunschtermins. Warten Sie vor dem Start eines Experimentes bitte unbedingt auf die Bestätigung der Buchung durch die Core Facility. Die Verfügbarkeit der Messzeit kann je nach Probenanzahl und Art der Proben variieren. Der Start der Messung kann anhand von anderen Buchungen am gleichen Tag von der gewünschten Zeit abweichen. Falls der gewünschte Termin nicht zur Verfügung steht bieten wir einen Ausweichtermin an.

Dokumente

Sample Acquisition Template (download)
Request Labeling Kits (download)

Die bildgebende Massenzytometrie (Imaging Mass Cytometry (IMC)) ist eine Methode für die gezielte und Epitop-spezifische Multiparameter-Analyse von Gewebeschnitten (Schema). Im Gegensatz zur konventionellen Immunhistochemie und Immunfluoreszenz ermöglicht diese Technologie die gleichzeitige Detektion von mehr als 35 spezifischen Markern auf dem Gewebe durch die Verwendung von Metallisotopen und deren verschiedene Massen als Analyten. Gewebeschnitte werden mit Epitop-spezifischen Metallisotop-gekoppelten Antikörpern markiert und das Gewebe in 1x1 µm-Spots von einem Laser abgetragen. Dieses abgetragene Material wird in das Massenzytometer transportiert und der Anteil der Metallionen jedes Pixels anhand ihrer Flugzeit (Time-of-Flight, TOF) massenspektrometrisch analysiert. Die Signale werden dann als multiparametrisches Bild dargestellt und können durch Bildbearbeitungsprogramme ausgewertet werden.

Messung von Gewebeschnitten

Die bildgebende Massenzytometrie wird als Service bzw. assistierte Nutzung angeboten. Die Messung von Gewebeschnitten wird über OpenIRIS ('Services' - 'Imaging Mass Cytometry - Sample Acquisition') unter Angabe eines Wunschtermine/einer Frist angemeldet und dann von uns koordiniert. Längere Messungen erfolgen in der Regel über Nacht oder über das Wochenende. Bitte melden Sie Messungen so früh wie möglich an.

Eine Übersicht, wie Sie Zugang zum IMC Service bekommen, finden Sie hier (download).

Für die Massenzytometrie werden Antikörper verwendet, die an Metallisotope gekoppelt sind. Diese markierten Antikörper können über den Hersteller bezogen werden. Alternativ, insbesondere bei Antikörper-Isotop-Kombinationen, die nicht kommerziell verfügbar sind, können aufgereinigte Antikörper mittels Kopplungskit mit dem entsprechenden Metallisotop gekoppelt werden. Dies ermöglicht die Verwendung von nahezu allen Antikörpern, die aufgereinigt verfügbar sind.

Wir bieten die Kopplung von Antikörpern mittels Kopplungskit als Service an, aber auch die Bereitstellung der Reagenzien zur selbständigen Kopplung.

Die Antikörperkopplung kann über OpenIRIS angefordert werden ('Services' - 'Mass Cytometry - Antibody Labeling Service').

Mit dem Minicore3 können Gewebestanzen zu einem Gewebe-Mikroarray (Tissue Microarray, TMA) auf einem Paraffinblock kombiniert werden (Schema). Die Tissue-Microarray-Technik ermöglicht eine effiziente Analyse, da hunderte Gewebeproben hierbei auf einem Objektträger platziert werden können. Dies ermöglicht eine Untersuchung mit verschiedenen In-situ-Verfahren (z.B. IMC, Immunfluoreszenz) in einem Durchgang und unter denselben standardisierten Bedingungen.

Das Minicore3 kann nach Einweisung selbständig genutzt werden. Die Einweisung kann in OpenIRIS über 'Services' - 'Minicore 3 - Tissue Mircroarray Services' angefordert werden und das Gerät danach über den 'Scheduler' gebucht werden.

Dr. Désirée Kunkel
Leitung BIH CCF
Tel: +49 (0)30 450 639 446
Fax: +49 (0)30 450 539 902
desiree.kunkel@bih-charite.de

Dr. Jaqueline Keye
stellvertr. Leitung
+49 (0)30 450 -539 445 (@CVK) / -539488 (@CCM)
jacqueline.keye@bih-charite.de

Dr. Franziska Nowak
franziska.nowak@bih-charite.de

Felicia Kruse
+49 (0)30 450 -539 445 (@CVK) / -539488 (@CCM)
simone-felicia.kruse@bih-charite.de

Dr. Yasmina Rodriguez Sillke
yasmina.rodriguez-sillke@bih-charite.de

Leona Simon
+49 (0)30 450 -539 445
leona.simon@bih-charite.de