Tissue Typing

Unser Team arbeitet daran molekulare Prozesse, zelluläre Faktoren sowie strukturelle und funktionelle Veränderungen, welche zu der Heilung und Erkrankung von menschlichen Geweben führen, besser zu verstehen und zu identifizieren. Im Focus stehen dabei die Entwicklungen neuartiger Therapieansätze und Diagnose/Prognose Systeme für die Behandlung multifaktorieller Erkrankungen mittels Proteomanalyse zu unterstützen.

  • Bildgebende Massenspektrometrie, zur histopathologischen Bestimmung molekularer (Proteine, Peptide, Metabolite), zellulärer beziehungsweise struktureller Veränderungen direkt im Gewebeschnitt.

  • Charakterisierung von räumlichen und zeitlichen Proteinveränderungen im Gewebe als Konsequenz irreversibler Prozesse (z.B. Tumorwachstum) bzw. regenerativer Prozesse als Antwort auf eine Therapie.

  • Entwicklung von molekularen Klassifikatoren für die Therapie Stratifizierung und Diagnose/Prognose Systemen

  • Qualitative und quantitative Proteincharakterisierung von Biomaterial, therapeutischen Zellprodukten, Körperflüssigkeiten oder Gewebe.

Team

Dr. Oliver Klein

Dipl. Ing Grit Nebrich 

M.Sc. Benjamin Florian Hempel

M.Sc. Zhyiang Wu

Sylwia Handzig

Methoden

  • Beurteilung des Gewebes: Bestimmung räumlicher molekularer Signaturen (Proteine, Peptide, Metabolite), mittels bildgebender Massenspektrometrie

  • Semi-quantitative Proteinanalyse mittels ultrahochauflösender Hochdurchsatz-Massenspektrometrie von Gewebe, Zellen, Körperflüssigkeiten oder Biomaterial

Ausstattung

  • MALDI Tissue Typer Massenspektrometer (Rapiflex ;Bruker Daltonik, 2017)

  • Autoflex III MALDI TOF Massenspektrometer (Bruker Daltonik, 2009)

  • ESI-QTOF  Massenspektrometer (Impact II; Bruker Daltonik,2017)

  • nano HPLC (Ulitmate 3000 Dionex, 2017)

  • nano HPLC (Proxeon))

  • Sprayer Device (HTX –TM-Sprayer 2017) 

  • Whole Slide Imaging Scanner (NanoZoomer-SQ, Hamamatsu 2018)

Funding

BMBF MSTAR- within the MSTARS joint project, a local research core for mass spectrometry in systems medicine is to be established in Berlin. Bundle and expand. The aim is to develop prognostic biomarkers, to investigate the problem of resistance to therapy in greater depth and to achieve improvements in drug development and study design.

EU-Reshape- transforming the treatment of patients suffering from undesired Immunity/Inflammation and Regenerative Medicine, including Gene Therapy) who presently have limited curative treatment options by applying next-generation Treg approaches.

Pfizer Aspire- In situ diagnostic for transthyretin amyloidosis stratification in heart failure with preserved ejection fraction using imaging mass spectrometry

DZHK-Phenomics in HFpEF  Combination of biostatistical phenotyping and innovative systems biology approaches (proteomics) HFpEF subpopulation stratification

BIH-CRG-Terminat NB Deeper understanding of signaling networks driving neuroblastoma treatment failure will drive rational design of the most effective targeting strategies for patient subgroups selected precisely according to individual risk and molecular biomarker profiles.

Kooperationen

Internal (BCRT)

Musculoskeletal System (Prof. Duda)

Field Cardiovaskular System (Prof. Tschöpe, Prof. Stamm/ Sophie van Linthout))

Field Immunsystem- (Prof. Reinke, Prof. Volk)

 

Charité

Julius Wolff Institute (Prof. Duda/Sven Geissler)

Dept. of Cardiology (Prof. Pieske/Prof. Tschöpe/Sophie van Linthout)

Inst. Med. Immunology (Prof. Volk, Dr. Sabat)

Gynecology and Center for Oncological Surgery (Prof. Sehouli/Dr. Kulbe)

Dept. of Pediatrics, Division of Oncology and Hematology (Prof. Eggert)

Division of Nephrology and Internal Intensive Care Medicine (Prof. Reinke)

Institute of Pathology (Prof. Klauschen/Dr. Taube)

Institute for Radiology(Prof. Schellenberger)

 

External collaboration

UKSH Lübeck – Translational Surgical Oncology & Biomaterial Banks (Prof. Gemoll)

UKSH Lübeck – Dept. of Cardiac and Thoracic Vascular Surgery (Prof. Mohamed)

Institute of Pathology Celle (Prof. Wellmann)

UBC-Depart of Pathology and Laboratory Medicine (Prof.  Kalloger), Canada     

Fraunhofer MEVIS Lübeck (Prof. Thiele/Prof. Lellmann)

Institute f. Clinical and Experimental Medicine (Prof.  Viklický/Prof. Honsová), Czechia

 

Industry

Bruker Daltonik GmbH, Bremen

Pfizer